Hans Vanaken begon zijn carrière bij Lommel SK en maakte daarna de stap naar PSV, waar hij zes jaar in de jeugd speelde. In 2008 keerde hij terug naar het heropgerichte Lommel United en brak door in de eerste ploeg. Zijn sterke optredens leverden hem een transfer op naar KSC Lokeren, waar hij meteen indruk maakte met doelpunten en assists. In 2014 behaalde hij de derde plaats op het Gala van de Gouden Schoen.
In 2015 maakte Vanaken de overstap naar Club Brugge en voetbalde zich meteen in de basis. Met zijn visie en passing speelde Vanaken een belangrijke rol in het behalen van de 14de landstitel voor de club in 2015-2016.
Vanaken groeide uit tot één van de sterkhouders, won drie keer de Gouden Schoen en is samen met Brandon Mechele recordhouder wat betreft landstitels bij Club. Ook staat hij in de top tien van spelers met de meeste wedstrijden en doelpunten voor Blauw-Zwart.
In het seizoen 2024-2025 wist Vanaken ook de Beker van België te winnen. Daarmee heeft hij inmiddels alle belangrijke Belgische prijzen binnengehaald en blijft hij een onmisbare speler voor Club Brugge.