Vanaken begon zijn carrière bij Lommel SK, waar hij tot het faillissement in 2002 bij de jeugd speelde. De Nederlandse topclub PSV kwam het talent nadien wegplukken, waarna hij 6 jaar bij de lampenclub speelde, om in 2008 terug te keren naar het heropgerichte Lommel United. Het was daar dat Hans zijn doorbraak forceerde in de eerste ploeg. Vanaf 2010 was Vanaken een vaste waarde in de A-kern en gooide hij hoge ogen in tweede klasse. Met respectievelijk 10 en 12 doelpunten in 2011-2012 en 2012-2013 kon hij heel mooie statistieken voorleggen voor een middenvelder, wat KSC Lokeren ertoe bewoog om de Limburger binnen te halen. Bij KSC Lokeren trok hij de lijn door, met een pak doelpunten en assists tot gevolg. Bij zijn debuut, tegen Anderlecht, wist hij meteen twee keer te scoren, waarna hij uitgroeide tot een sterkhouder bij de Waaslanders. Het leverde hem interesse op van heel wat Belgische topclubs. Op het ‘Gala van de Gouden Schoen 2014’ kaapte Vanaken de 3de plaats weg, na Dennis Praet en Bruggeling Victor Vazquez.
Bij Club Brugge kreeg hij in zijn debuutseizoen, 2015-2016, een basisplaats en was hij met zijn visie en passing belangrijk in het behalen van de 14de titel uit de Brugse geschiedenis. Vanaken is niet meer weg te denken uit het Brugse voetbal. Hij won twee keer de Gouden Schoen en hielp Club ook aan de vijftiende, zestiende én zeventiende landstitel. Hij ligt nog onder contract tot 2025 bij Club.